Der Ablauf des Lizenzierungsprozesses ist streng standardisiert: Bis zum 15. März eines jeden Jahres müssen die 36 Clubs der Bundesliga und 2. Bundesliga bis 15.30 Uhr ihre vollständigen Lizenzunterlagen bei der DFL eingereicht haben.
Fällt dieser Termin auf ein Wochenende, verschiebt sich die Frist auf den folgenden Montag. Mit der Einreichung der Unterlagen endet die erste Phase im Lizenzierungsprozess. Sich für die 2. Bundesliga bewerbende Vereine aus der 3. Liga müssen ihre Unterlagen schon zum 1. März um 15.30 Uhr eines jeden Jahres einreichen.
Clubs, die zwischen den beiden Lizenzligen auf- oder absteigen können, müssen zudem bis spätestens zum 01. April die Plan-Gewinn- und Verlustrechnung für die mögliche neue Spielklasse der DFL vorlegen. Versäumt ein Club diesen Termin, kann er für die neue Spielklasse keine Lizenz erhalten.
Nach einer Prüfungsphase durch Fachleute für die verschiedenen Kriterien, das sogenannte Lizenzmanagement, werden die Anträge der DFL-Geschäftsführung zur Entscheidung vorgelegt. Diese entscheidet bis etwa Mitte April in erster Instanz über Verweigerung oder Erteilung der Lizenz. Die Entscheidung wird allen Clubs zeitgleich zugestellt.
Im Rahmen der Vergabe und Verweigerung einer Lizenz spielen Auflagen und Bedingungen eine wichtige Rolle. Bei einer negativ ausgefallenen Liquiditätsberechnung knüpft die DFL die Lizenzerteilung an die Erfüllung von gewissen Bedingungen. Sie zwingen den betroffenen Club, bis zu einem festgesetzten Termin kurzfristig Nachbesserungen vorzunehmen, um die wirtschaftliche Leistungsfähigkeit nachzuweisen. Wird demgegenüber eine Lizenz unter Auflagen erteilt, ist die Spielgenehmigung für Bundesliga und 2. Bundesliga grundsätzlich gewährleistet. Der Club muss die Auflagen allerdings während der Saison einhalten, andernfalls kann er mit Sanktionen wie Geldstrafen oder Punktabzügen belegt werden.
Gegen die Entscheidung der ersten Instanz kann jeder Club innerhalb einer Woche Beschwerde erheben, neue Tatsachen vortragen und anschließend erneut von der DFL-Geschäftsführung überprüft werden. Bei Auflagen ist dies nur selten der Fall, bei Lizenzentscheidungen mit Bedingungen oder Lizenzverweigerungen die Regel.
Ist der Club mit der darauffolgenden Entscheidung ebenso wenig einverstanden, kann er eine zweite Beschwerde einlegen, die vom Lizenzierungsausschuss der DFL überprüft wird. Dieser entscheidet als letzte Instanz auf Verbandsebene über die Vergabe oder Verweigerung der Lizenz. Bei Interessenkonflikt eines oder mehrerer Ausschussmitglieder ergänzt eine Person einer Wirtschaftsprüfungsgesellschaft das Gremium als Ersatzmitglied.
Erfolgt auch durch den Lizenzierungsausschuss keine Lizenzerteilung, besteht für den Club lediglich die Möglichkeit, das Ständige Schiedsgericht für Vereine und Kapitalgesellschaften der Lizenzligen anzurufen, welches über die Ordnungsmäßigkeit der Entscheidung des Lizenzausschusses hinsichtlich der Erfüllung der Bedingungen entscheidet.
Sollte ein Club der Bundesliga oder 2. Bundesliga vor der Saison die Lizenz nicht erhalten, so gilt er vorbehaltlich der dort gültigen Zulassungsvoraussetzungen als Absteiger in die 3. Liga und rückt somit an den Schluss der Tabelle der 2. Bundesliga der vorangegangenen Spielzeit. Die Anzahl der aus sportlichen Gründen abgestiegenen Clubs der vorangegangenen Spielzeit vermindert sich entsprechend. Ein Club, dem die Lizenz während der laufenden Spielzeit entzogen worden ist, scheidet erst am Ende des Spieljahres aus den Rundenspielen aus und gilt als Absteiger. Die von einem solchen Club ausgetragenen oder noch auszutragenden Spiele werden für und gegen die Gegner gewertet.
Seit einigen Jahren müssen Lizenznehmer zur Bestätigung ihrer wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit während der Spielzeit bis zum 31. Oktober ihre Bilanz zum 30.06. und eine aktualisierte Plan-Gewinn- und Verlustrechnung mit geplanten Mittelzu- und abflüssen aus Investitions- und Finanzierungstätigkeiten vorlegen. Diese Unterlagen werden im Lizenzierungsverfahren II überprüft. Sofern es einem Lizenznehmer nicht gelingen sollte, seine wirtschaftliche Leistungsfähigkeit wg. einer festgestellten Liquiditätslücke zu bestätigen, droht ihm während der laufenden Spielzeit ein sofortiger Abzug von zwei Gewinnpunkten.
